El ejército otomano que permaneció en el país después de la retirada francesa de Egipto , era débil y tenía grandes conflictos internos . Un teniente de un grupo de soldados albaneses del ejército otomano , llamado Mohammed Ali , se aprovechó de esta situación y a los cinco años siguientes a la salida de las tropas francesas , Mohammed Ali intrigó y luchó para convertirse en gobernador de Egipto .
A partir de entonces Mohammed Ali fue el líder indiscutido de Egipto , y de sus esfuerzos se dirigieron principalmente al mantenimiento de su independencia en la práctica . El sultán de Constantinopla era demasiado débil para oponerse a esta usurpación y la única amenaza para el poder de Muhammad Ali Pasha podría provenir de los mamelucos . En 1811 , Muhammad Ali organizó un complot para deshacerse del peligro de los mamelucos , para siempre . Invitó a 470 soldados mamelucos a un banquete en la Ciudadela y ordenó que fueran asesinados en lo que se conoce como la Masacre de la Ciudadela . Así el papel de los memelucos en la historia de Egipto llegó a su fin a excepción de algunos se escaparon hasta el sur de Egipto y Sudán y se más tarde se diluyerón en la población .
Mohamed Ali basó su estrategia de desarrollo del páis en la agricultura . Se amplió la superficie cultivada , y se introdujo el cultivo del algodón , la caña de azúcar y el arroz . Las obras públicas se financiaron con cargo al excedente de ingresos de la producción agrícola . Mejorar los métodos de riego , excavó canales y construyó presas y diques .
Además , Muhammad Ali también se comproetió con el desarrollo industrial de Egipto . El gobierno estableció modernas fábricas para el tejido de algodón , seda y lana . Con la ayuda de asesores extranjeros y la maquinaria importada , estableció fábricas para la producción de azúcar , añil , el vidrio , y el bronce . El gobierno monopolizó la compra de los productos agrícolas y se hacía cargo de su venta .
Muhammad Ali también trabajó en la financiación y el equipamiento de las fuerzas armadas . Era un ambicioso expansionista cuyos ejércitos extendieron su poder sobre Siria , Sudán , Grecia y la Península Arábiga hasta que controlar una gran parte del Imperio Otomano en 1839 .
Cuando murió , en 1848 , sus herederos continuaron las reformas y proyectos sociales con el fin de ponerse al día con la civilización europea . Entre estos proyectos fue la creación de los ferrocarriles , fábricas , así como el primer sistema de correos y telégrafos . El mayor proyecto llevado a cabo fue el Canal de Suez , inaugurado en 1869 con gran pompa y con la asistencia de casi todos los monarcas europeos .

Después de la muerte de Muhammad Ali , su nieto , Abbas I , le sucedió . Abbas I de Egipto abrió al libre comercio , cerró escuelas y fábricas , y prácticamente detuvo el avance hacia el desarrollo industrial y la autosuficiencia económica que Mohammed Ali había puesto en marcha .
Abbas I fue sucedido por su hijo Said Pasha , quien invirtió la política de su padre y se dedicó a desarrollar activamente la infraestructura del país e inició la construcción del Canal de Suez .
Le sucedió Ismail quien durante de su reinado , Egipto fue testigo de un despertar de las reformas administrativas , mientras que la agricultura , la industria , la construcción y la arquitectura prosperaron . Lo más notable de sus logros fue la construcción de la Casa de la Ópera , los ferrocarriles y el Canal de Suez , que se abrió para la navegación internacional en 1869 .
La administración de Ismail se enriqueció por la subida de los precios del algodón por la Guerra Civil estadounidense y aprovechó para la financiación de sus proyectos de desarrollo . Sin embargo , al final de la guerra , Ismail tenía que encontrar nuevas fuentes de financiación para mantener sus esfuerzos de reforma con vida . Empezó a depender de préstamos internacionales y siguió una política de impuestos abusiva a la población . También vendió muchas acciones del Canal de Suez al gobierno británico . Poco a poco , Egipto quedó bajo la protección británica .
En septiembre de 1878 , se formó un gobierno bajo la presidencia de Nubar Pasha y dos ministros de finanzas y de obras públicas (uno era británico y otro francés) . Muchos europeos estaban empleados con sueldos altos en varios departamentos gubernamentales . La oposición a la intervención europea en los asuntos internos de Egipto salió de la Asamblea de Delegados , que Ismail había creado en 1866 , y de los oficiales del ejército egipcio . Entre enero y julio de 1879 , la Asamblea celebró una reunión en la que exigió un mayor control sobre los asuntos financieros y la rendición de cuentas de los ministros europeos a la Asamblea . Pero en abril de 1879 y bajo la presión extranjera , Ismail ordenó la disolucíón de la Asamblea . La Sociedad Civil elaboró un plan de reforma nacional para resolver los problemas financieros de Egipto . Ismail , estuvo de acuerdo en este plan y rechazó la propuesta de declarar la quiebra de Egipto , y declaró su intención de cumplir todas las obligaciones con los acreedores de Egipto . También invitó a Sharif Pasha para formar un gobierno . Luego y se despidió a los ministros europeos .
Las potencias europeas ejercieron presión sobre el Imperio Otomano y Khedive Ismail fue obligado a abdicar en 1879 y El hijo de Ismail , Tawfik , fue nombrado Khedive de Egipto .