Con la ocupación de Egipto , Napoleón quiso dar un golpe al Imperio Británico , con el que Francia estaba en guerra con el fin de obtener el control de rutas terrestres y marítimas a la colonia británica de la India . Los ejércitos de Napoleón Bonaparte , derrotaron al ejército de los mamelucos en Imbabah y Shubra Khit y tomaron Alejandría y El Cairo . Al mes de entrar en Egipto , la marina británica , al mando del almirante Nelson , atacó y destruyó la flota francesa en la bahía de Abukir , en Alejandría .
El sultán otomano Selim III envió un ejército que , aunque fue derrotado por los franceses , dejó claro que los franceses no estaban en Egipto con la complicidad de Constantinopla . El pueblo de El Cairo se amotió contra los franceses , concentrandose en la mezquita de Al Azhar y dirigidos por las respetadas figuras religiosas . Así la rebelión tuvo un carácter tanto religioso como nacional . Durante este período , la población comenzó a considerar a los ulemas no sólo como jefes morales , sino también como líderes políticos . En ese momento , fue asesinado el general francés Dupuy . Bonaparte y el General Jean Baptiste Kléber rápidamente suprimieron esta rebelión , pero la entrada de la caballería francesa en la mezquita
de Al-Azhar causó una gran conmoción . En 1799 , Napoleón tuvo éxito en la invasión de Siria , pero no en la toma de Acre (en Palestina) y sus fuerzas se retiraron . Durante la ausencia de Bonaparte en Egipto , Murad Bey e Ibrahim Bey hicieron un intento de recuperar El Cairo , pero Napoleón llegó a tiempo e infligió una aplastante derrota al ejército turco que había aterrizado en Abu Kir , ayudado por la flota británica que estaba bajo el mando de Sir Sidney Smith .
Pocos meses después , Napoleón partió a escondidas para Francia , dejando Al General Jean-Baptiste Kléber al mando de sus tropas . El General Kléber fue asesinado , y fue sucedido por el general Menou , que afirmó haberse convertido al Islam y declaró Egipto un protectorado francés . La ocupación fue finalmente resuelta por una fuerza anglo-otomana . Las fuerzas francesas en El Cairo , se rindieron el 18 de junio de 1801 , y Menou se rindió en Alejandría el 3 de septiembre . A finales de septiembre , las últimas fuerzas francesas habían abandonado el país .
La invasión de Napoleón reveló Oriente Medio como una zona de enorme importancia estratégica para las potencias europeas , inaugurando así la rivalidad anglo-francesa por la influencia en la región y trajo a los británicos al Mediterráneo .
Napoleón creó un estilo de gobierno francés . Implementó proyectos de obras públicas para limpiar y renovar el país largamente descuidado , limpió las calles y construyó puentes . También introdujo nuevos cultivos y un nuevo sistema de pesos y medidas . La tarea de los 167 académicos , científicos y artistas que le acompañaron fue investigar todos los aspectos de la vida en Egipto . La publicación de Description de l'Egypte , en 24 volúmenes se convirtió en la base de la investigación moderna en la historia , la sociedad y la economía de Egipto .