Además de la pobreza , los altos impuestos y la discriminación injusta , Egipto también sufrió los ataques de los Blemios que vinieron del Sur . El pueblo egipcio no mostró ninguna resistencia a estas tribus , tal vez porque estaban cansados de la ocupación romana . La administración romana tampoco encontraba soldados que querían servir en lugares del desierto privados de cualquier signo de civilización .
Diocleciano decidió trasladar la línea defensiva a Aswan y convenció a las tribus beduinas para ir al sur para defender la frontera sur a cambio de apoyo financiero . Por otra parte , Diocleciano trató de comprar la paz a través de dar a los Blemios grandes sumas de dinero en la condición de que se abstuvieran de saqueos y pillajes .
En Alejandría , las revoluciones estallaron uno tras otro , la más fuerte , la que estaba encabezada por Lucio Domicio Domiciano , que fue declarado emperador . Diocleciano envió una gran fuerza a Alejandría y la sitió durante 8 meses y luego atacó la ciudad , causando una gran destrucción .
Cuando Diocleciano llegó a Alejandría , encontró una ciudad destruida pobre , llena de enfermedades y plagas . Diocleciano decidió comprar la lealtad de alejandrinos decretando donarles una parte de la reserva de trigo de la ciudad . En agradecimiento , los alejandrinos erigió un monumento en forma de una columna de 26 metros .
Diocleciano decidió cancelar la moneda de Alejandría e incorporó Egipto al sistema monetario del Imperio .
Diocleciano tuvo que enfrentarse el peligro de la nueva religión cristiana , que obstaculizaba su proyecto de revivir el Imperio . El cristianismo se había extendido en el Delta , entre los greco-egipcios y gradualmente se extendió a Alejandría , que fue evangelizada por San Marcos en el 60 AC . En el año 68 AC , fue martirizado por un ataque de los paganos . Diocleciano ordenó la persecución de los cristianos y masacró a miles de ellos , así que el año de su coronación , se considera el año de los mártires y el comienzo del calendario de los egipcios coptos .
Diocleciano dividió el imperio en cuatro regiones , cada dos regiones se regían por un emperador .