Con la conquista otomana de Egipto por el sultán Selim I El reino mameluco llegó a su fin . A partir de ese momento , Egipto se convirtió en una provincia bajo el Imperio Otomano . Selim I dejó tras de sí Khair Bey como gobernador de Egipto . Khair Bey mantuvo su corte en la Ciudadela , la antigua residencia de los gobernantes de Egipto . Durante el reinado del sultán siguiente , Suliman I , se crearon dos cámaras , en la que , tanto el ejército y las autoridades religiosas estuvieron representadas para ayudar al pachá en sus deliberaciones . Estas dos cámaras fueron llamadas el Gran Divan y el Diván Menor .
Selim I y sus sucesores no consiguieron acabar ni con la influencia no con el poder de los mamelucos de Egipto . Los turcos otomanos gobernaron Egipto desde Istanbul a través de Pachás cuyo gobierno no pasaba de la recaudación de impuestos . Los otomanos se basaron en el ejército mameluco cuyas filas continuaron ampliándose con los mercenarios esclavos traídos desde el Cáucaso .
Durante las últimas décadas del siglo XVI y los primeros siglos XVII , una serie de revueltas estallaron . En 1604 el gobernador Ibrahim Pasha , fue asesinado por los soldados , y su cabeza fue colgada Bab Zuwaylah . Durante estos años , también hubo un resurgimiento en la estructura militar de los mamelucos . A mediados del siglo XVII , la supremacía política había pasado a los beyes .
En 1760 , Ali Bey El Kabir asumió el cargo de Sheikh el Balad (el Gobernante del país) . Se ganó el control del ejército y se alió con el jeque Daher El Omar en Palestina contra el sultán otomano . Expulsó al Wali otomano y anunció la independencia de Egipto . Emitió decretos en su propio nombre y redirigió los ingresos del Estado para su propio uso , y trató de recrear el imperio mameluco ivadiendo Siria . También logró extender su influencia a Hijaz y Yemen , donde envió un ejército bajo el liderazgo de Muhammad Bey Abu El-Dahab . Además , Ali Bey trató de fortalecer los lazos comerciales con Europa e intentó abrir el puerto de Suez a la navegación europea . Ali Bey gobernó brevemente y sus sucesores , especialmente Muhammad Bey , continuaron sus políticas . En 1786 , una expedición enviada por el Sultán Otomano logró recuperar el poder en Egipto . Después de la muerte de Muhammad Bey , hubo una lucha poor el poder entre los beyes . Ibrahim Bey y Murad Bey lograron hacer valer su autoridad y compartían el poder en Egipto y se mantuvieron en el poder hasta la invasión francesa en 1798 .