Las frecuentes incursiones en Siria desde el lado egipcio y el hostigamiento desde el mar que ejercían los romanos , condujo al califa Omar , tras alguna vacilación , a autorizar una expedición a la tierra de los faraones . Amr Ibn Al-Aas se llevó sólo 4 , 000 hombres . El éxito de Amr en conquistar Egipto se debió a las malas condiciónes de Egipto durante todo el periodo bizantino . Había más de 20 tipo de impuestos , los más pesados de los cuales fueron el impuesto de trigo , la capitación y el impuesto sobre la tierra . También el pais estaba agotado por la persecución religiosa y las disputas que provocaron la ruina del país . Por otra parte , el ejército era impotente ante cualquier invasión extranjera . Así que Amr cruzó la frontera oriental de Egipto con jinetes armados con lanzas , espadas y arcos . Marcharon a lo largo de la ruta de las caravanas por la costa del Sinaísin ninguna dificultad . La primera oposición la encontraron ense reunieron en Pelusium (EL Farma) , donde la guarnición romana resistió durante un mes . Después Amr sitió Bilbais durante un mes antes de que se rindiera . En su camino hacia la fortaleza de Babilonia , derrotó a la escasa agrupación de los romanos y el resto se retiró a una fortaleza donde podían defenderse durante algún tiempo .
Antes de acercarse al castillo , Amr ocupó Umm Duneyn , donde se apoderó de muchos barcos . Los árabes contaron con la neutralidad de los coptos nativos .
Hacia mediados de junio de 640 , llegó un refuerzo importante de 12 , 000 hombres bajo el mando de Ez-Zubair Ibn El Awwam .
Cyrus (el gobernador de Egipto y el poderoso patriarca de Alejandría) , acompañado por otros , iniciaron las negociaciones con los árabes . Los árabes les ofrecieron: la conversión al Islam , o el pago un impuesto , o la guerra . Los negociadores aceptaron el pago del impuesto , pero la guarnición romana se negó por completo . Los árabes sitiaron la fortaleza durante ocho meses y su guarnición , por fin capituló en abril del 641 .
El general árabe se dirigió después al norte hacia Alejandría en la rama de Rosetta y derrotó a las tropas romanas que encontraban en su camino . Amr dejó sus tropas sitiando Alejandría , mientras fue conquistando ciudades llegando hasta Tebas . Luego regresó a Babilonia donde firmó un tratado con Cyres en noviembre de 641 , cuyos principales artículos eran:
1) Los que mantenían su credo , pagarían el impuesto .
2) Los musulmanes no deben interferir con las iglesias y los asuntos de los cristianos .
3) Los musulmanes deben mantenerse alejados de Alejandría durante 11 meses durante los cuales el ejército romano la abandonaba .
Amr extendió su conquista a Libia , ya que había sido cedida a Egipto durante el último período del imperio bizantino . Así capturó Cyranaica y Trípoli . Sus soldados fueron hacia el sur hasta las fronteras con Sudán .
Se tomaron medidas para mejorar las condiciones de los campesinos . La tierra se dejaba en manos de los cultivadores , las obras de irrigación viejas fueron restaurados y el antiguo canal que conectaba el Mar Mediterráneo con el Mar Rojo fue limpiado .
Los cristianos de Egipto fueron bien tratados en consecuencia de su buena voluntad hacia los musulmanes . La Fiscalidad estaba regulado en una escala fija y moderada , y el comercio se vió favorecido por bajos derechos de aduanas .