La última fase de la historia de los Ptolomeos en Egipto está considerada como uno de los períodos más misteriosos en la historia del mundo . Cleopatra VII tenía un carácter fuerte , y era uns política formada , bien educada y astuta . Hablaba varios idiomas y tenía la capacidad de gobernar el país y de imponer su fuerte personalidad a los dirigentes del Imperio Romano .
Cuando ella apareció por primera vez como un gobernante con su hermano Ptolomeo XIII , que era alrededor de 17 años de edad . En ese momento , ella no era muy buena en los asuntos políticos .
Cleopatra VII decidió apoyar a Pompeyo en su guerra contra el César: se enviaron barcos de Egipto , algunos cereales y las contribuciones para su ayuda . Sin embargo , once de los guardias del palacio no la apoyaron ytuvo que huir primero a Tebas , donde preparó un ejército y marchó sobre Pelusio donde se encontró con su hermano Ptolomeo , quien había preparado un fuerte ejército . En ese momento , la situación en Roma era más claro y era evidente que el siguiente regente sería César . Pompeyo trató de encontrar una salida y huyó a Alejandría en búsqueda de apoyo , pero fue rechazado por los guardias de Ptolomeo XIII y más tarde asesinado y su cabeza fue cortada y fue entregada con su anillo a César . Cuando César llegó a Alejandría tres días más tarde , se hizo el amo de la ciudad . Ptolomeo XIII tuvo que regresar de Pelusio en una posición débil , pero Cleopatra tuvo que ir a Alejandría disfrazada . No sabemos si realmente llegó a los pies de César envuelta en una alfombra . Ella conquistó a César , aunque él le doblaba en edad .
No tenemos un retrato real de Cleopatra , pero se dice que ella está representado en una de las paredes del templo de Dendera y también está representada en algunas monedas (divisas) , pero se cree que es sólo una imagen que no es real . El único que describe su belleza es Plutarco , pero parece que hablaba de la belleza de su carácter .
Se dice que cuando ella estaba en una reunión con la comunidad todos los asistentes se concentraban exclusivamente en ella y sólo la escuchaban a ella .
Ptolomeo XIII se puso furioso cuando se enteró de que Cleopatra se había convertido en amante de César , y hasta el regreso de Chipre a la autoridad egipcia no ayudó mucho en calmar los sentimientos de Ptolomeo XIII hacia su relación .
Ptolomeo trató de reconciliarse con su hermana , pero esta reconciliación no duró mucho tiempo . En 48 AC , César pasó la mayor parte de su tiempo en Alejandría . En noviembre , Archilles con un gran ejército marchó sobre Alejandría . César , por miedo a que su flota pudiese ser capturada , le prendió fuego y el fuego se extendió por todas partes y destruyó una gran cantidad de documentos que estaban destinados a ser añadidos a la colección de la biblioteca . Al mismo tiempo , la hermana de de Cleopatra , Arisnoe que odiaba a Cleopatra y César) se unió al campamento de Archilles y los alejandrinos la declararon como la reina de Egipto .
Aunque César fue casi derrotado , se las arregló para contener al ejército invasor , y pronto , las tropas que mandó traer desde Asia occidental comenzaron a llegar . Cuando César logró reforzar su posición , Archilles fue derrotado , y el joven Ptolomeo XIII murió ahogado al intentar escapar , y Arisnoe y Alejandría cayeron en manos de César .
La fuerte injerencia de Roma en los asuntos internos de Egipto llegó a ser muy explícita . César restituyó a Cleopatra en el trono con su hermano menor Ptolomeo XIV . César , Cleopatra VII y Ptolomeo XIV , fueron en un viaje en el Nilo , hasta llegar al Alto Egipto . Cleopatra estaba embarazada en ese momento y dió a luz a un niño que lo llamaron Ptolomeo César o Cesarión . César regresó a Roma para celebrar sus victorias .
Más tarde , Cleopatra VII , Ptolomeo XIV y su hijo Ptolomeo César fueron a Roma para dos fines: Confirmar el tratado con Roma y continuar la relación con Julio César .
César se casó con una señora llamada Calpurina en Roma , y el derecho romano no le permitía casarse con más de una mujer , independientemente de la nacionalidad . Cuando César admitió Cesarión , Calpurina enloqueció y se fue a los senadores para quejarse . Se quejó de que se casó con otra mujer . Ahí en el senado se le hicieron otras acusaciones como quedarse con todo el mérito de las conquistas sin mencionar a Roma . Cleopatra pasó trece meses en Roma hasta que César fue asesinado después de una decisión de todos los miembros del Senado .
Después de la muerte de César , Cleopatra VII y Ptolomeo XIV , estaban asustados , ya que fueron la razón del asesinato de César , por lo que decidieron regresar a Egipto . Inmediatamente después estaban de regreso y Ptolomeo XIV murió , quizás asesinado por Cleopatra . Luego , se nombró a su hijo , Cesarión , en el trono de Egipto .